Museet har udover skiftende særudstillinger 5 permanente udstillinger:
• Pilfingrenes Paradis: Stor legetøjsudstilling. Gå på opdagelse i gamle legesager og prøv selv kopier af bedstemors og bedstefars legetøj.
• Vitus Bering: Vitus Bering blev født i Horsens i 1681. Han opdagede i 1728 at Asien og Amerika er adskilte kontinenter, og i 1741 kortlagde han, som den første, Alaskas vestkyst.
• Horsens Sølv: Skatkammer fyldt med over 450 smukke sølvarbejder fra Horsens fra 1636 og frem til 1900tallets begyndelse.
• Oldtidens Spor: Oldsager fra museets akæologiske udgravninger fortæller 10.000 års forhistorie fra Horsens & omegn.
• Middelalderen i Horsens: Oplev dagligdagen i middelalderens Horsens med husgeråd, våben, værktøj og kirkeinventar fra vikingetiden & middelalderen.
Børn og unge kan glæde sig over Horsens Museums Oldeforældreklub, der er en gruppe ældre mennesker, som hjælper Horsens Museum med at formidle historien. Oldeforældrene hjælper b. la. til med aktiviteter i skoleferierne.